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Les hydrogéologues doivent obtenir un agrément en matière d’hygiène publique du directeur général de l'Agence Régionale de Santé (ARS) pour émettre un avis dans le cadre des procédures définies par la réglementation en vigueur concernant la protection des eaux utilisées pour la production d’eaux destinées à la consommation humaine, en particulier sur la disponibilité en eaux et la délimitation des périmètres de protection.

Un arrêté du ministre chargé de la santé fixe les modalités d'agrément et de désignation des hydrogéologues agréés en matière d'hygiène publique, notamment la constitution du dossier de la demande d'agrément, les compétences requises et la durée de l'agrément.

A signaler la parution de l’arrête ministériel du 15 mars 2011 relatif aux modalités d’agrément, de désignation et de consultation des hydrogéologues en matière d’hygiène publique qui abroge l’arrête ministériel du 31 août 1993.

Quatre points particuliers sont notamment modifiés par ce texte national : 
 • le nombre de départements dans lesquels un hydrogéologue pourra être agréé n’est plus limité,
 • un hydrogéologue agréé peut exercer la mission de coordonnateur départemental dans plus de deux départements et peut bénéficier de deux mandats consécutifs,
 • l’avis est émis sous la forme d’un rapport écrit  et informatisé,
 • la commission régionale d’agrément prévue par le texte antérieur est supprimée, le DGARS se prononce après avis des instances concernées.